Это до сих пор происходит? 24-го мы изменяли DNS записи нашего домена, если серверы вашего провайдера так долго их обновляли, то это могло быть причиной и вылета с таймаутом, и второй проблемы.
А обычно сообщение с требованием обновления выдается только в том случае, если во время игры у вас в папке с клиентом создаются какие-либо файлы, которых там не должно быть, либо же редактируются те, с которыми делать это запрещено. В первом случае, понятия не имею о других возможных причинах, кроме того, что вы во время игры загружали какие-либо файлы вне разрешенных мест, например, ресурспаки, вне их положенного места - папки resourcepacks. Во втором - от редактирования у нас защищены от редактирования конфигурации timehud.cfg, splash.properties и bspkrsCore.cfg.