У нас на серверах установлено ограничение на количество сущностей в чанке - 25. Если их станет больше, случайные мобы подвергаются удалению. У вас как там дела с населением обстояли? Также феи из Biomes O'Plenty не защищаются от убийства другими игроками в привате, поэтому если в ваше закрытое пространство можно было проникнуть оком эндера, то ее мог убить игрок.