Railcraft лишь имитирует кормление животных, как и процесс размножения имеет собственную реализацию, не предусматривающую сохранение свойств сущности-родителя (в данном случае - номер поколения животного).
Сообщил о проблеме разработчикам Railcraft, но по моему она должна быть решена путем интеграции совместимости в каждом моде с подобными сущностями.
Вряд ли будет исправлено нашими силами.